Prace współautorstwa dr hab. Katarzyny Potrykus, prof. UG opublikowane w czasopismach Nature Microbiology oraz PNAS
Katarzyna Potrykus i Michael Cashel “Growth at best and worst of times” Nat Microbiol. 2018 Aug; 3(8):862-863. doi: 10.1038/s41564-018-0207-6.
Artykuł z serii News & Views (komentarz do dwóch prac opublikowanych w Nature Microbiology: Nat Microbiol. 2018 Jun;3(6):741-748 oraz Nat Microbiol. 2018 Aug;3(8):939-947, napisany na zaproszenie edytora). Do tej pory sądzono, iż bakteryjna odpowiedź na głodzenie i ograniczony dostęp do jakichkolwiek podstawowych czynników odżywczych przebiega w ten sam sposób, tzn. zawsze dochodzi do ograniczenia syntezy rybosomów. Teraz okazuje się, iż bakterie stosują odmienne strategie w zależności od tego czy i w jakiej ilości zostaje ograniczone źródło węgla, azotu lub fosforanów.
https://www.nature.com/articles/s41564-018-0207-6
Llorenc Fernández-Coll, Katarzyna Potrykus i Michael Cashel “Puzzling conformational changes affecting proteins binding to the RNA polymerase” Proc Natl Acad Sci U S A. 2018 Nov 29. pii: 201818361. doi: 10.1073/pnas.1818361115
Komentarz napisany na zaproszenie edytora. W proces transkrypcji zachodzący w bakteriach Escherichia coli zaangażowanych jest wiele czynników transkrypcyjnych (np. DksA, GreA, GreB) oddziałujących z tzw. kanałem drugorzędowym polimerazy RNA. Do niedawna wydawało się, że jedynym aspektem regulującym, który czynnik zwiąże się do polimerazy RNA jest jego stężenie w komórce. Wiadomo jednak, że czynniki te podlegają dodatkowym modyfikacjom potranslacyjnym, np. niedawno ukazała się praca w PNAS wskazująca, iż DksA ulega oksydacji w wyniku szoku tlenowego, a białko DnaJ (białko opiekuńcze odpowiedzi na szok termiczny) przywraca jego aktywność ( Kim J-S, i wsp. (2018) Proc Natl Acad Sci USA doi:10.1073/pnas.1813572115). W niniejszym komentarzu omówione są inne przykłady potranslacyjnej regulacji białek wiążących się do drugorzędowego kanału polimerazy RNA oraz ich wpływ na konkurencję pomiędzy tymi czynnikami o wiązanie się do polimerazy RNA.
https://www.pnas.org/content/pnas/early/2018/11/28/1818361115.full.pdf