Badania naukowe

Katedra Biochemii Ogólnej i Medycznej

Obszary badań:

Struktura i funkcja białek stresowych:

• Rola proteaz z rodziny HtrA oraz białek opiekuńczych pochodzenia bakteryjnego w wirulencji bakterii patogennych
• Struktura i funkcja proteaz HtrA i białek opiekuńczych człowieka oraz ich rola w kancerogenezie i rozwoju innych schorzeń
• Mechanizm dysocjacji i degradacji białek tworzących agregaty w komórkach bakteryjnych poddanych stresowi – rola małych białek szoku termicznego (sHsps) IbpAB oraz systemu białek opiekuńczych ClpB/DnaK (Hsp100) w dezagregacji białek  i wirulencji bakterii patogennych
• Mechanizmy regulujące powstawanie bakterii tolerujących antybiotyki
• Rola proteaz i białek opiekuńczych w przetrwaniu niekorzystnych warunków środowiska i patogenezie bakterii Dickeya solani

PRACOWNIA BIOCHEMII BIAŁEK I KWASÓW NUKLEINOWYCH

Obszary badań:

Struktura i funkcja białek stresowych:

• Rola proteaz z rodziny HtrA oraz białek opiekuńczych pochodzenia bakteryjnego w wirulencji bakterii patogennych
• Struktura i funkcja proteaz HtrA i białek opiekuńczych człowieka oraz ich rola w kancerogenezie i rozwoju innych schorzeń
• Rola proteaz i białek opiekuńczych w przetrwaniu niekorzystnych warunków środowiska i patogenezie bakterii Dickeya solani

PRACOWNIA BIOCHEMII MIKROORGANIZMÓW

Obszary badań:

• Mechanizm dysocjacji i degradacji białek tworzących agregaty w komórkach bakteryjnych poddanych stresowi – rola małych białek szoku termicznego (sHsps) IbpAB oraz systemu białek opiekuńczych ClpB/DnaK (Hsp100) w dezagregacji białek i wirulencji bakterii patogennych
• Mechanizmy regulujące powstawanie bakterii tolerujących antybiotyki

 

Działalność naukowa pracowników koncentruje się na zagadnieniach dotyczących biologii komórek ludzkich oraz chorób uwarunkowanych genetycznie, a w szczególności na:

• badaniach nad polimorfizmami predysponującymi do chorób cywilizacyjnych
• komórkowych szlakach sygnalizacyjnych, które ulegają rozregulowaniu w chorobach genetycznych oraz cywilizacyjnych 
• badaniach aktywności biologicznej związków pochodzenia roślinnego oraz syntetycznych i możliwości ich wykorzystania w prewencji i terapii chorób uwarunkowanych genetycznie, m.in. nowotworów
• mechanizmach takich procesów komórkowych, jak: autofagia, biogeneza lizosomów, programowana śmierć komórki, starzenie komórkowe
• badaniach dotyczących  mechanizmów procesu degradacji substratów białkowych związanego z retikulum endoplazmatycznym, transportu białek przez błony retikulum,
• badaniach nad  mechanizmami ludzkich chorób związanych z nieprawidłowym fałdowaniem i degradacją białek transportowanych do różnych organelli komórkowych lub wydzielanych na zewnątrz komórki
• poznaniu istoty defektu chorób genetycznych oraz zależności pomiędzy obrazem klinicznym a genotypem choroby
• profilowaniu ekspresji genów zarówno w chorobach genetycznych jak i cywilizacyjnych
• ocenie wpływu zaburzeń funkcjonowania lizosomów na parametry układu immunologicznego oraz metabolizm komórki
• poszukiwaniu nowych biomarkerów w chorobach cywilizacyjnych
• zastosowaniu zwierzęcych modeli chorób genetycznych w celu poznania molekularnych mechanizmów patogenezy oraz poszukiwania nowych strategii terapeutycznych oraz biomarkerów chorób. 

 

Katedra Biologii Molekularnej

• Regulacja replikacji DNA chromosomów bakteryjnych, plazmidów i genomów bakteriofagów
• Kontrola rozwoju wirusów w komórkach gospodarza
• Bioróżnorodność bakteriofagów
• Diagnostyka i możliwości zwalczania zakażeń bakteryjnych

 

Katedra Genetyki Molekularnej Bakterii

Zainteresowania naukowe pracowników katedry obejmuje przede wszystkim genetyka i biologia molekularna mikroorganizmów, a w szczególności:

• Regulacja metabolizmu oraz genetyka mikroorganizmów środowiska morskiego
• Mechanizmy regulacji replikacji DNA różnych replikonów bakteryjnych i bakteriofagowych
• Regulacja replikacji DNA w powiązaniu metabolizmem podstawowym oraz stanem fizjologicznym komórki
• Biologia plazmidów, w tym systemy toksyna-antytoksyna
• Mechanizmy odpowiedzi bakterii na stany stresu środowiskowego
• Antybakteryjne właściwości substancji pochodzenia roślinnego, izotiocyjanianów i możliwości ich wykorzystania wobec bakterii patogennych (w tym enterokrwotocznych Escherichia coli)
• Mechanizmy regulacji ekspresji genów bakteryjnych
• Biologia i biotechnologia bakteriofagów pochodzących z różnych środowisk

 

Katedra Cytologii i Embriologii Roślin

• Rozmnażanie płciowe i apomiktyczne roślin kwiatowych
• Poliploidyzacja w różnicowaniu komórek roślinnych
• Komunikacja symplastowa w rozwoju roślin
• Epigenetyczna kontrola rozwoju nasion
• Indukcja embriogenezy i organogenezy roślin in vitro
• Kwiatowe struktury wydzielnicze

 

Katedra Ekologii i Zoologii Kręgowców

• Odpowiedź ekologiczna, fizjologiczna i behawioralna ptaków i ssaków (na poziomie osobniczym, populacyjnym i ekosystemowym) na wielkoskalowe zmiany klimatyczne
• Biologia, ekologia i behawior siewkowców w okresie migracji na południowym wybrzeżu Bałtyku
• Funkcjonowanie lądowych i morskich ekosystemów polarnych
• Znaczenie kolonijnych ptaków rybo- i planktonożernych w ekosystemach morskich i lądowych
• Ekologia i faunistyka krajowych gatunków nietoperzy i drobnych ssaków naziemnych
• Znaczenie ekologiczne i ekonomiczne gatunków konfliktowych (kormoran, bóbr) dla funkcjonowania ekosystemów leśnych i wodnych Polski północnej
• Procesy synurbizacyjne w awifaunie i chiropterofaunie Trójmiasta
• Fenologia i dynamika migracji ptaków trzcinowisk

 

Katedra Ekologii Roślin

• Późnoglacjalna i holoceńska historia roślinności, klimatu i wpływu człowieka w północnej Polsce oparta na danych palinologicznych, analizach makroskopowych szczątków roślin oraz geochemii osadów
• Interdyscyplinarna rekonstrukcja historii przyrodniczej Puszczy Białowieskiej
• Historia zmian hydrologicznych w południowej strefie Bałtyku
• Archeobotanika średniowiecznego osadnictwa: użytkowanie roślin, zmiany środowiska przyrodniczego i synantropizacja flory
• Archeobotanika stanowisk pradziejowych w Afryce Pn i na Bliskim Wschodzie
• Monitoring współczesnego opadu pyłku – narzędzie do rekonstrukcji historii zmian roślinności i klimatu
• Biologia i ekologia roślin wodnych
• Cechy historii życiowych roślin wodnych i ich zastosowanie w ochronie ekosystemów jeziornych
• Regulatory struktury roślinności w jeziorach
• Różnorodność funkcjonalna roślin wodnych i zbiorowisk

 

Katedra Ewolucji Molekularnej

• Ewolucja i filogenetyka molekularna trudnych taksonów pasożytniczych
• Molekularna filogenetyka, taksonomia oraz genetyka populacyjna roślin
• Różnorodność biologiczna i genetyczna wirusów w kontekście ewolucyjnym

 

Katedra Fizjologii i Biotechnologii Roślin

• Regulacja i przebieg cyklu komórkowego glonów Desmodesmus i Chlamydomonas
• Adaptacja glonów i roślin wodnych do chemicznych zanieczyszczeń środowiska wodnego
• Podłoża kondycjonowane glonów i sinic – skład i aktywność biologiczna
• Tkanka floemowa dyniowatych w produkcji białek rekombinowanych
• Produkcja wosków i alkoholi tłuszczowych w genetycznie modyfikowanych szczepach Chlamydomonas reinhardtii

 

Katedra Fizjologii Zwierząt i Człowieka

Poznanie neurofizjologicznych i immunologicznych podstaw funkcjonowania ośrodkowego układu nerwowego, w szczególności:

• Wpływ farmakologicznej/ elektrycznej stymulacji lub lezji struktur mózgowych na aktywność immunologiczną i behawioralną szczurów
• Zmiany czynności elektrycznej struktur mózgowych u zwierząt w warunkach indukowanej aktywności ośrodkowego układu nerwowego
• Działanie środków farmakologicznych na wybrane parametry krwi oraz zachowanie apetytywne myszy i szczurów
• Neuroimmunologiczne i neurobehawioralne mechanizmy reakcji stresowych oraz indywidualnego zróżnicowania podatności na stres
• Wykorzystanie innowacyjnych materiałów w medycynie regeneracyjnej – badania biokompatybilności
• Badania behawioralne, fizjologiczne i genetyczne w odniesieniu do dobrostanu zwierząt, również dzikich
• Zwierzęce modele chorób ośrodkowego układu nerwowego u człowieka
• Stres i regulacja neurohormonalna

 

Katedra Genetyki i Biosystematyki

• Ewolucyjne i ekologiczne aspekty genetyki populacji zwierząt, badane z wykorzystaniem technik genetyki molekularnej
• Filogeografia i taksonomia molekularna
• Zastosowanie genetyki populacyjnej w ochronie bioróżnorodności. Ocena poziomu różnorodności genetycznej, identyfikacja jednostek ochrony, wspomaganie ustalania priorytetów i tworzenia strategii ochrony bioróżnorodności
• Badanie relacji mikrobiom – gospodarz u bezkręgowców
• Badanie molekularnych mechanizmów regulacji ekspresji genów na poziomie transkrypcji u prokaryota
• Rozpoznanie faunistyczne w regionach i środowiskach słabo zbadanych pod tym względem (m.in. obszary (sub-)tropikalne, (sub-)arktyczne; wody podziemne, okresowo wysychające) oraz szeroko rozumiana pogłębiona systematyka z uwzględnieniem opisów nowych taksonów, ich klasyfikacji, zmienności wewnątrz- i międzygatunkowej, historii ewolucyjnej i powiązań filogenetycznych oraz przystosowań środowiskowych
• Określenie wpływu czynników środowiskowych na występowanie bezkręgowców wodnych i wykorzystanie kluczowych indykacyjnych taksonów bentonicznych do oceny jakości wód 
• Rekonstrukcja zmian środowiskowych i klimatycznych w czwartorzędzie na podstawie szczątków Ostracoda  
• Cechy historii życiowych i sposobu rozmnażania jako komponenty dostosowania i ewolucja cech fenotypowych 
• Biologia i ekologia skorupiaków z południowego Spitsbergenu

 

Katedra Mikrobiologii

• Biologia bakteryjnych systemów restrykcyjno-modyfikacyjnych
• Badania nad rozwojem nowych technologii sekwencjonowania genomowego DNA
• Badania nad mechanizmami stabilnego dziedziczenia plazmidów w komórkach bakteryjnych
• Analiza molekularna plazmidów izolowanych z bakterii środowiskowych
• Biologia fagów termofilnych izolowanych ze środowisk ekstremalnych
• Charakterystyka tremostabilnych endolizyn
• Analiza termostabilnych rekombinaz pod kątem ich wykorzystania w diagnostyce molekularnej
• Analiza metagenomów mikroorganizmów termofilnych
• Konstrukcja nowych wektorów na potrzeby biotechnologii
• Badania nad molekularnymi mechanizmami ekspresji genów

 

Katedra Taksonomii Roślin i Ochrony Przyrody

• Fenetyczna, filogenetyczna i fitogeograficzna analiza rzędu Orchidales wykonana z użyciem danych morfologicznych i anatomicznych oraz metod numerycznych i molekularnych
• Ewolucja mechanizmów zapylania u storczykowatych na podstawie badań molekularnych, ultrastrukturalnych oraz chemicznych
• Rewizja taksonomiczna, filogeneza i różnorodność genetyczna wybranych taksonów  grzybów zlichenizowanych i ich fotobiontów na podstawie cech morfologicznych, chemicznych i wybranych markerów genetycznych
• Aktywność biologiczna wtórnych metabolitów porostowych
• Relichenizacja w warunkach in vitro
• Studia florystyczno-ekologiczne porostów na wybranych podłożach
• Biologia i ekologia ginących i chronionych w Polsce roślin naczyniowych oraz porostów. Badania cech populacji i warunków fitocenotyczno-siedliskowych, analiza zmienności genetycznej, morfologicznej jako podstawy efektywnej ochrony
• Naturalne zróżnicowanie, dynamika i antropogeniczne przemiany szaty roślinnej Pomorza Gdańskiego
• Synantropizacja flory
• Rozmieszczenie i zasoby roślin naczyniowych Pomorza Gdańskiego
• Badania nad rozwojową i ewolucyjną plastycznością sposobów odżywiania roślin, zarówno w odniesieniu do interakcji z grzybami jak i przemian fizjologicznych zachodzących w roślinach z  wykorzystaniem  metod biologii molekularnej (genomika, transkryptomika), a także metod metabolomicznych oraz izotopowych

 

Katedra Zoologii Bezkręgowców i Parazytologii

• Biologia, ekologia i taksonomia różnych grup pasożytów
• Parazytofauna kręgowców i bezkręgowców
• Diagnostyka parazytologiczna
• Faunistyka, ekologia, taksonomia, filogenetyka klasyczna i molekularna stawonogów
• Morfologia funkcjonalna, porównawcza i ewolucyjna stawonogów
• Ewolucja różnorodności morfologicznej i taksonomicznej owadów
• Paleobiogeografia i biogeografia historyczna owadów
• Owady w bursztynie bałtyckim i innych żywicach kopalnych

 

Stacja Badania Wędrówek Ptaków

• Kompleksowe badania wędrówek ptaków z uwzględnieniem dynamiki sezonowej, biometrii, orientacji i monitoringu liczebności
• Strategie i trasy migracji ptaków w obrębie europejsko-afrykańskiego systemu wędrówkowego ptaków
• Behawioralne i ewolucyjne odpowiedzi ptaków wędrownych na globalne zmiany środowiska, w tym na ocieplenie klimatu
• Plastyczność pierzenia ptaków w odpowiedzi na warunki środowiska i w relacji do wędrówki i innych etapów cyklu życiowego
• Monitoring długoterminowych zmian morfologicznych u ptaków wędrownych
• Taksonomiczne, ekologiczne i epidemiologiczne aspekty występowania u ptaków wędrownych chorób i pasożytów z różnych taksonów

 

Stacja Biologiczna

Zaplecze dydaktyczne i naukowe dla jednostek Wydzialu Biologii.

 

 

Pracownia Biologii Molekularnej Instytutu Biochemii i Biofizyki PAN afiliowana przy Uniwersycie Gdańskim

• Molekularne mechanizmy chorób genetycznych i autoimmunologicznych człowieka oraz możliwości leczenia tych schorzeń
• egulacja ekspresji genów i replikacji DNA w komórkach prokariotycznych i eukariotycznych