Pozycja doktorant-stypendysta w projekcie NCN OPUS 20, Katedra Biochemii Ogólnej i Medycznej

OFERTA PRACY DOKTORSKIEJ
Nazwa stanowiska: doktorant-stypendysta
Termin rozpoczęcia pracy w projekcie: 01.10.2022

Tytuł projektu:           
Współpraca pomiędzy pozacytoplazmatycznym systemem kontroli jakości białek i translokonem Sec w procesie eksportu białek u bakterii Helicobacter pylori
Miejsce realizacji: Katedra Biochemii Ogólnej i Medycznej, Wydział Biologii, Uniwersytet Gdański, ul. Wita Stwosza 59, 80-308, Gdańsk
Opis projektu:
Helicobacter pylori jest powszechnie występującą u ludzi bakterią, powodującą chroniczne stany zapalne żołądka. Patogen ten atakuje komórki nabłonka żołądka, wykorzystując różnorodne czynniki zjadliwości. Wśród nich można wyróżnić białka umożliwiające przyleganie do komórek gospodarza (adhezyny), proteazy niszczące połączenia między komórkami nabłonka, toksynę wakuolizującą VacA. Wymienione czynniki zjadliwości są białkami, które aby osiągnąć docelową lokalizację (błona zewnętrzna bakterii lub środowisko pozakomórkowe) są transportowane z cytoplazmy (miejsce syntezy) przez błonę wewnętrzną do peryplazmy za pomocą specjalnej maszynerii translokacyjnej Sec. Ponieważ transportowane białka opuszczają kanał Sec w formie rozwiniętej, są narażone na wytworzenie niewłaściwych oddziaływań, mogących prowadzić do powstania szkodliwych dla komórki agregatów. Temu zjawisku przeciwdziała pozacytoplazmatyczny system kontroli jakości białek (PSKJB), który grupuje białka opiekuńcze, katalizatory zwijania i proteazy. Łącznie białka te zapobiegają agregacji białek, zapewniają ochronę białkom wędrującym do błony zewnętrznej lub opuszczającym komórkę, zapewniają peryplazmatycznym substratom osiągnięcie prawidłowej struktury i usuwają błędnie zwinięte i nieprawidłowe białka poprzez ich degradację. Przypuszcza się także, że niektóre składniki PSKJB mogą także współdziałać z maszynerią Sec w procesie uwalniania białek z kanału transportującego, co mogłoby zwiększać wydajność eksportu z cytoplazmy. W przypadku bakterii H. pylori proces ten jest bardzo słabo poznany. Nie został scharakteryzowany system PSKJB u H. pylori. Większość składników tego systemu została wytypowana na podstawie analiz in silico sekwencji genomów tych bakterii, natomiast brak jest analiz genetycznych, proteomicznych, biochemicznych i funkcjonalnych PSKJB. Należy tu zaznaczyć, że H. pylori znacząco się różni od E. coli i nie można przypisać funkcji przypuszczalnym składnikom PSKJB u H. pylori na zasadzie analogii do ich odpowiedników u E. coli. W związku z tym celem niniejszego projektu jest zbadanie działania PSKJB u bakterii H. pylori. 
Planowane badania obejmują m.in.: konstrukcję zmutowanych szczepów H. pylori, niezdolnych do syntezy wybranych składników PSKJB, i określenie efektów mutacji, zbadanie wydajności translokacji przez Sec stosując modelowe białka reporterowe, porównanie składu białkowego komórek zmutowanych i niezmutowanych, identyfikację substratów wybranych periplazmatycznych białek opiekuńczych, a także sprawdzenie, jak zaburzenia procesu translokacji i działania PSKJB przekładają się na wirulencję bakterii H. pylori.

Do szczegółowych zadań stypendysty będą należały:
•    Konstrukcja zmutowanych szczepów Helicobacter pylori
•    Prowadzenie hodowli bakterii H. pylori, frakcjonowanie komórek, przygotowanie ekstraktów białkowych do analiz
•    Badania proteomiczne metodą LC-MS
•    Analiza wydajności transportu przez błony komórkowe
•    Identyfikacja oddziaływań białko-białko („pull-down”, termoforeza mikroskalowa)
•    Badanie poziomu ekspresji genów związanych z systemem kontroli jakości białek
•    Przygotowanie raportów z przeprowadzonych badań, prezentowanie uzyskanych rezultatów (także w języku angielskim), udział w przygotowywaniu publikacji naukowych.
•    W ramach badań przewidziany jest co najmniej jeden staż krótkoterminowy.
Wymagania:
•    Stopień magistra w zakresie biologii, biotechnologii, nauk medycznych lub nauk pokrewnych;
•    Udokumentowane doświadczenie w pracach badawczych z zakresu mikrobiologii i/lub biologii molekularnej.  
•    Udokumentowana praktyczna znajomość technik stosowanych w mikrobiologii, biologii molekularnej i biochemii. Preferowane umiejętności obejmują: prowadzenie hodowli bakterii, znajomość technik elektroforetycznych, izolacja DNA i RNA z komórek bakteryjnych, klonowanie DNA, reakcje PCR i qRT-PCR, oczyszczanie białek, badanie aktywności enzymatycznej białek. Doświadczenie w pracy na modelach bakterii patogennych, w pracach związanych z funkcjonowaniem białek opiekuńczych i/lub proteaz, a także umiejętność analizy oddziaływań białko-białko będą znaczącymi atutami.
•    Znajomość zagadnień dotyczących fizjologii komórki bakteryjnej (w tym funkcji systemu kontroli jakości białek) oraz oddziaływań patogen-gospodarz. 
•    bardzo dobra znajomość języka angielskiego;
•    silna motywacja do pracy naukowej i zdolność pozyskiwania nowej wiedzy i umiejętności technicznych;
•    dyspozycyjność oraz umiejętność pracy w zespole badawczym;

Typ konkursu NCN: OPUS20 – NZ2
Termin składania ofert: 13 lipiec 2022, 20:00
Forma składania ofert: e-mail, podając w tytule wiadomości dopisek „OPUS20-Helicobacter”.
Dokumenty należy przesłać na adres joanna.skorko-glonek@ug.edu.pl 

Warunki zatrudnienia:
Stypendium na okres 48 miesięcy w ramach szkoły doktorskiej
Warunkiem koniecznym do wypłacania stypendium jest osiągnięcie przez kandydata statusu doktoranta w Szkole Doktorskiej Nauk Ścisłych i Przyrodniczych UG
Kierownik projektu i promotor pracy doktorskiej: prof. dr hab. Joanna Skórko-Glonek

Dodatkowe informacje:
Zgłoszenia kandydatów powinny zawierać:
• życiorys naukowy wraz z wykazem publikacji, doniesień zjazdowych, staży i szkoleń, informacją o stypendiach i nagrodach wraz z danymi kontaktowymi,
• list motywacyjny,
• opinię opiekuna naukowego pracy magisterskiej,
• kserokopie dyplomów potwierdzających kwalifikacje zawodowe
• podpisane oświadczenie RODO zawarte w załączniku

Wybrani kandydaci, spełniający wymogi formalne oraz wymagania projektu, zostaną zaproszeni na rozmowę kwalifikacyjną (możliwość formy zdalnej). Dokładne informacje dotyczące rozmowy kwalifikacyjnej zostaną przesłane zaproszonym kandydatom pocztą elektroniczną. 
Planowana data rozstrzygnięcia konkursu: do 15.07.2022 r.

Dodatkowe informacje można uzyskać pod numerem telefonu +48 58 523 60 56 lub powyższym mailem.

Ogłoszeniodawca zastrzega sobie prawo do odpowiedzi jedynie na wybrane oferty. Konkurs może zostać zamknięty bez wyłonienia kandydata.