Sesja Sprawozdawcza Doktorantów Wydziału Biologii
4 września br. odbyła się Sesja Sprawozdawcza Doktorantów Szkoły Doktorskiej przy Wydziale Biologii Uniwersytetu Gdańskiego. Podczas wydarzenia doktoranci mieli okazję zaprezentować przebieg swoich badań.
Z naszej Katedry m.in. poster prezentowała:
Wiktoria Klasa, której celem pracy jest określenie jaki wpływ ma (p)ppApp na transkrypcję zachodzącą u bakterii modelowych podczas odpowiedzi na stres, a dokładniej zbadanie wpływu (p)ppApp na inicjację transkrypcji z promotorów zależnych od alternatywnych czynników sigma i wiązanie (p)ppGpp z RNAP E. coli, Bacillus subtilis albo Methylorubrum extorquens.
Bakterie aby prawidłowo funkcjonować w zmiennym otoczeniu rozwinęły szereg właściwości adaptacyjnych i wykształciły różne strategie wykorzystujące rozległą sieć globalnych mechanizmów regulacyjnych. Jednym z nich jest odpowiedź ścisła. Umożliwia ona precyzyjną regulację ekspresji genów w odpowiedzi na zmieniające się warunki środowiskowe. Podczas wystąpienia różnego rodzaju stresorów, dochodzi do zwiększonej syntezy pochodnych guanozyny: tetra - i penta - fosforanu guanozyny, które zbiorczo określane są jako (p)ppGpp. Oprócz alarmonów komórkowych (takich jak (p)ppGpp) w komórkach bakteryjnych zidentyfikowano strukturalnie podobne cząsteczki – (p)ppApp - tetra - i penta - fosforan adenozyny. W Escherichia coli (p)ppGpp i (p)ppApp różnią się miejscem wiązania do polimerazy RNA (RNAP), co sugeruje różne sposoby modulowania transkrypcji.
Aleksandra Kujałowicz, która pracuje nad projektem pt.: "Rozszyfrowanie molekularnych mechanizmów regulujących inicjację replikacji DNA u bakterii Pseudomonas aeruginosa".
P. aeruginosa jest bakterią stanowiącą wyzwanie dla współczesnej medycyny ze względu na oporność na wiele leków, niezwykłe właściwości adaptacyjne i tworzenie biofilmu, co przekłada się na wywoływanie przewlekłych, trudnych do zwalczania infekcji. W poszukiwaniu nowego celu terapeutycznego skupiłam się na lepszym poznaniu replikacji DNA - kluczowego procesu, niezbędnego do powielania się komórek. Zamierzam sprawdzić i opisać, jakie mechanizmy molekularne odpowiadają za regulację replikacji u tego gatunku. W tym celu stworzyłam biblioteki podwójnych mutantów deplecyjnych. Każda z komórek w kolekcji ma wyciszony gen kodujący jeden ze znanych regulatorów replikacji, oraz wyciszony drugi gen, należący do całogenomowej biblioteki. Pozwoli mi to na poszukiwanie nieodkrytych do tej pory interakcji. Liczę, że wyniki sekwencjonowania nowej generacji (NGS) stworzonych przeze mnie bibliotek, przybliżą nas do poznania szlaków regulacyjnych koordynujących rozmnażanie P. aeruginosa.
fot. L. Banaszczyk, R. Mielczarek
